Sistem pengajian di Pondok Pasir Tumboh terbahagi kepada 2, iaitu:
Pertama: Pengajian Umumi (pelajar diberi kebebasan memilih mata pelajaran yang hendak diikuti)
Pengajian umumi merupakan pengajian sebenar bagi cara tradisional pondok. Ia merupakan kelas terbuka dan dibenarkan kepada semua pelajar untuk mengikutinya. Di samping pelajar, masyarakat luar juga datang untuk menimba pelajaran samada mereka yang tinggal dekat atau berjauhan dengan pondok. Pengajian ini berjalan hampir sepanjang masa daripada selepas Subuh sehingga ke tengah malam, melainkan pada waktu solat.
Kedua: Pengajian Nizami (secara kelas mengikut tahap kemampuan pelajar).
Para pelajar telah diatur dan ditetapkan pada kelas-kelas yang tertentu mengikut tahap kebolehan dan keupayaan masing-masing. Kelas ini hanya berlangsung setiap hari daripada pukul 9.30 pagi hingga 11.30 pagi, melainkan pada hari Jumaat dan Selasa. Pelajar-pelajar bebas mengikuti kelas umumi selain daripada waktu ini.
Para pelajar telah diatur dan ditetapkan pada kelas-kelas yang tertentu mengikut tahap kebolehan dan keupayaan masing-masing. Kelas ini hanya berlangsung setiap hari daripada pukul 9.30 pagi hingga 11.30 pagi, melainkan pada hari Jumaat dan Selasa. Pelajar-pelajar bebas mengikuti kelas umumi selain daripada waktu ini.
Kitab-kitab Pengajian
Kitab-kitab yang digunakan adalah kitab tua (turath) jawi dan Arab yang disusun dan dikarang oleh pengikut mazhab Asy-Syafi'i dan lain-lain mazhab yang berpegang kepada Ahli Sunnah Wal Jama'ah.
Mata Pelajaran Yang Diajar:
Tauhid, Fiqh, Tasawwuf, Nahu (tatabahasa Arab), Sorof, Tajwid, Balaghah (sastera Arab), Usul Tafsir, Mustolah Hadith, Usul Fiqh, Mantiq, Tafsir, Hadith, Sirah dan lain-lain.
Tauhid, Fiqh, Tasawwuf, Nahu (tatabahasa Arab), Sorof, Tajwid, Balaghah (sastera Arab), Usul Tafsir, Mustolah Hadith, Usul Fiqh, Mantiq, Tafsir, Hadith, Sirah dan lain-lain.